Osmanlı Devlet-i Aliyye’mizde yeni fethedilen memleketlerde de medrese inşası ve medrese açılışlarına da çok önem verilirdi. Buralarda açılan medreseler, yalnız eğitim ve öğretim gayesiyle değil, İslâm dini ve İslâm Kültürü’nün yaygınlaşmasına, devlet, ulema ve halk uzlaşmasının te’minine ve idarenin toplumlara benimsetilmesine de yardımcı olurdu. Bu bakımdan, fethedilen Balkan şehirlerinde medreselerin sür’atle kurulmasına çok önem verilirdi. Meselâ, Osmanlı dönemi müddetince, Bulgaristan’da 142 medrese, 273 mektep, Yunanistan’da 182 medrese, 315 mektep, eski Yugoslavya’da 223 medrese, 1134 mektep ve Arnavutluk’ta 28 medrese, 121 mektep olmak üzere toplam 575 medrese ve 1843 mektebin inşa ettirildiği tespit edilmiştir.
İstanbul’un fethinden i’tibâren 20.yüzyılın başlarına kadar İstanbul’da yüzlerce medresenin kurulduğu, 17. yüzyılın ortalarında sâdece Dâhil-i Sur’da, (İstanbul’un sur’ların içerisinde kalan bölümünde), 122 medrese’nin bulunduğu bilinmektedir.
1869’da tertip edilen bir liste’ye göre, İstanbul’da, dâhil-i Sûr’da 166 medrese tesbit edilmiştir. 20. yüzyılın başlarında ise, bir başka tesbite göre, Dâhil-i Sûr’daki medrese sayısı 185’tir. İstanbul’da önemli medreseler, Fatih, Beyâzıt, Süleymaniye ve Zeyrek civarındaydı. Bu bakımdan, bu noktalar asırlar boyu ilim muhiti olarak anılagelmiştir. Osmanlı Devlet-i Aliyye’mizde medreseler yalnız, İstanbul’da bulunuyor değil, Anadolu’nun hemen hemen, her yerine yayılmıştı. Meselâ, 19. asır’da, Kayseri’de 22, İzmir’de 33 medrese vardı. Konya, 19.Asır’da, günümüzde ayrı ayrı, vilâyet’ler olan, Aksaray, Karaman ve Niğde de Konya’ya bağlıydılar ve Konya genelinde, Toros’larda, kuş uçmaz, kervan geçmez köy’lerde bile medrese vardı. Yabancı seyyah’lar, Anadolu şehir’lerindeki medreselerden övgüyle bahsederler. Meselâ, Amasya’ya gelen Perrot 1861’de, bir Şehzâde’ler şehri Amasya’daki medreseleri ve eğitim hayatını gördüğünde, Amasya’yı Anadolu’nun Oxford’u diye nitelendirmişti.
Medrese eğitiminde temel unsur müderrislerdi. Osmanlı Eğitim Sisteminde, talebe’nin hangi medresede okuduğu değil, ama hangi hoca’dan ders aldığı önemliydi. Talebe okuduğu her bir derse, başkalarına okutacak kadar vakıf olursa hocası o talebe’ye okuttuğu bu ders’ten icâzetnâme verirdi. İcâzetnâme’ler, “Mücâz” veya “Mücâz, Mücîz” olarak tevcih edilirdi. Müderris dersini tamamlayan talebesine kabiliyetine göre, ya sadece kendisine icazet verir, o zaman talebe “Mücâz” dır, yahut da talebenin de bir başkasına icâzet verme yetkisiyle icâzet verir ki, bu takdirde de talebe “Mücâz, Mücîz”dir. Bir misâl olarak arzetmek gerekirse, Sahib-i Zaman, Mürşid-i Kâmil ve Mükemmil, Müceddid ve Medâr Mürşid, Süleyman Hilmi Silistrevî Efendi Hazretleri, Süleyman Hilmi Tunahanı (K.S.) Fatih Müderris’lerinden, Bafralı Ahmed Efendi’den, mücîz de olmak üzere icâzet almıştır. (Yâni kendi okuttuğu talebesine de icâzet verme yetkisiyle kendisine icâzet verilmiştir.)
İcâzetnâme’ler, günümüz diploma ve sertifikalarına hiç benzemezdi. İcâzet veren müderris, talebesine hangi ders’ten icâzet veriyorsa, o dersi kimden tahsil ettiğini, kesintisiz bir silsile ile, Hazreti Peygamber’e kadar zikretmek mecbûriyetindeydi. Silsile’de kopukluk ve kesinti olması halinde, o müderris aslâ icazet vermez-veremez, vermeye kalkarsa da, hiç kimse bu icazete i’tibar etmez. Süleyman Efendi Hazretleri’ne icâzet vermiş olan Bafralı Ahmed Efendi Hazretleri, silsilesini kesintisiz olarak, Abdullah İbn-i Mes’ud radiya’llâhu anh vasıtasıyla Resûl-i Ekrem sallla’llâhu aleyhi ve sellem Efendimize dayandırmıştır.
Medrese’lerin, 03 Mart 1924 tarihinde lağvedilmesinden önce, Süleymaniye Medrese’lerinin Âlî kısmında, Tefsîr ve Hadis Mütehassısı, (Hadis ve tefsir profesörü) olarak vazife yapıyorken, Dersiâmlık unvanı verilerek, diğer pekçok müderris gibi vazifesine son verilmişti.
Ma’nevî irşâd ve ihdâ vazifesinin yanında, irtihaline kadar bir an bile duraksamadan, İslâmî ilimlerin tahsili için insanüstü gayret sarf ederek, binlerce müftü-vâiz, imam-müezzin, kayyım yetiştiren, Süleyman Efendi Hazretleri, yetiştirdiği talebesinden ba’zısına icâzet vermiştir.
Ali İbn-i Mustafa Çırpânî’ye verdikleri, İcâzetnâme’nin bir fotokopisi, husûsî arşivimiz arasında bulunmaktadır. Efendi Hazretleri, tabî olarak bu İcâzetnâme’sinde Silsile’sini, Bafralı Ahmed Efendi Hazretleri vasıtasıyla ve Abdullah İbn-i Mes’ud radiya’llâhu anh tarıkıyla Resûl-i Ekrem’e, (salla’llâhu aleyhi ve sellem) Efendimize dayandırmaktadır.
Medrese hayatının belirli ve sade bir özelliği vardı. Medreselerde haftanın beş günü ders okutulur. Salı ve Cum’a günleri ta’til edilirdi. Mollâ Fenârî, ders kitaplarını ve özellikle o sırada eserleri meşhûr olan, Allâme-i Teftâzânî’nin kitaplarını istinsah edebilmeleri için (ders kitaplarından beher nüshayı elleriyle yazabilmeleri için) Pazartesi’yi de ilâve ederek, ta’til günlerini üçe çıkarmıştı.
Cumhuriyet döneminde, Medrese Talebesi’nin, üç aylarda ve Ramazan Ay’ında, medrese’lerin de ta’til edilmesinden faydalanarak, Anadolu’nun muhtelif yerlerine, kasaba ve köylerine bir nev’i staj ve tatbikat için gitmelerini “Medrese mollaları üç aylarda ve ramazan ayında, kasaba kasaba, köy köy dolaşır, dilencilik yaparlardı,” diye çokca istismar edilmiştir. Oysa ki, medrese talebesi yılboyu tahsil ettiği ilimlerin bir nev’i tatbikatını yapmak üzere, sırf bu maksatla kurulmuş vakıfların te’min ettiği harçlıklarla kasaba kasaba, köy köy dolaşır, Kur’ân okurlar, va’az ederler, hutbe okur’lar ve terâvih namazı kıldırırlardı. Büyük şehir’lerdeki medreselerine dönerken de kasaba ve köy halk’ları kendilerine çeşitli hediyeler verirdiler. Medrese talebesi’nin sırf maddî menfe’at te’mini için (cerre çıktığı) kasaba kasaba, köy köy dolaştı iddiası aslâ doğru değildir.
1826’da, Evkâf-ı Hümâyûn Nezâreti kurulunca, bütün vakıf’ların gelirleri devlet hazinesine alınınca medrese ve ulema’nın imkân’ları çok daralmış, Nizâmiye mahkemelerinin teşkili ve daha sonra hukuk mekteplerinin ortaya çıkmasıyla büyük ölçüde yargı sahasından da uzaklaşmış, sadece din hizmetleriyle alakalı bir kurum olarak kalmıştı.
19. Asır’da II.Mahmud ve Sultan 2. Abdülhamid dönemlerinde eğitim konusunda ıslahat ve yenilikler yapılırken, medreseler ihmal edilmiş, 2. Abdülhamid’in tah’t’dan indirilmesinden sonra, İttihad’çılar devrinde, Şeyhülislâm Mûsa Kâzım ve Mustafa Hayri Efendiler zamanında medreseler ciddî olarak ıslah edilmeye çalışıldı. “Islâh-ı Medâris”, (Medreselerin ıslahı) komisyonları oluşturulup muhtelif Nizamnâme’ler hazırlandı. Geleneksel yapısından tamâmen farklı, mektep tarzında yeni program, dâru’l-Hılâfe medreselerinde uygulanmaya başlandı.
Ayrıca Medsetü’l-Kudât (Hukuk Fakültesi-Kadı Yetiştiren Medrese), (1913), Medresetü’l-Eimme ve’l-Hutabâ (1913), Medresetü’l-Vâizîn (Vâizler Medresesi), (1913), Medresetü’l-Mütehassisîn, (1914), Medresetü’l-Hattâtîn (1914), Medresetü’l-İrşâd, (Medresetü’l-Eimme ve’l-Hutabâ ile Medresetü’l-Vâizîn’in birleştirilmesiyle 1919’da kuruldu.
Önce I. Dünya Savaşı ve arkasından Osmanlı Devlet-i Aliyye’mizin tasfiyesi sebebiyle yeniden teşkil edilen bu yüksek dereceli okullar uzun süreli olamadılar 20. Asr’ın ilk çeyreğinde, Beyânülhak, Sırat-ı Müstakîm ve Sebîlürreşad gibi, mücadeleci ve muhafazakâr mecmu’alar’da, medreseleri değerlendiren ve çözüm önerileri ileri süren pek kıymettâr makaleler yazıldı.
Medreseler, 03 Mart 1924 tarihinde, Tevhid-i Tedrisat Kanununu ile Maarif Nezâretine devredildi, kanunun neşrinden on üç gün sonra da, bütün medreseler fiîlen kapatıldı...