Yolcuların en fazla tercih ettiği istasyon yüzde 27 ile Üsküdar olurken, bunu yüzde 25 ile Ayrılık Çeşmesi İstasyonu, yüzde 23 ile Sirkeci İstasyonu, yüzde 16 ile Yenikapı İstasyonu, yüzde 9 ile Kazlıçeşme İstasyonu izledi.
İstasyonlardan binen günlük ortalama yolcu sayısında ise Üsküdar 27 bin, Ayrılık Çeşmesi 25 bin, Sirkeci 23 bin, Yenikapı 16 bin, Kazlıçeşme 9 bin olarak sıralandı.
Açılışı 29 Ekim 2013'te yapılan Marmaray'la, 14 Ocak'a kadar 9 milyon 929 bin 755 yolcu taşındı.