Türkiye ve Yunanistan arasındaki ilişkilerde gerginliğe ve güvensizliğe yol açan bir diğer önemli sorunu ise, Yunanistan'ın egemenliği altında yer alan, ancak, uluslararası antlaşmalarla silahsızlandırma yükümlülüğüne girmiş olduğu adaları, önce gizli daha sonra açıktan, silahlandırmaya başlaması oluşturmaktadır. Yunanistan'ın Ege'deki adaları silahlandırmaya başlamasına ilk tepkinin 29 Haziran 1964'te  bu ülkeye verilen nota ile olduğu görülmektedir. "Türkiye bu durumu ilk olarak 1964'te Yunanistan'ın dikkatine sunarak, 29 Haziran 1964'te, bu devlete bir nota vermiş ve Rodos ve İstanköy'de yapıldığı saptanan tahkimata antlaşmalara uyularak son verilmesini istemiştir. Yunanistan ise  Temmuz 1964'te verdiği yanıtta antlaşmalara uyduğunu ve söz konusu adalarda tahkimat yapmadığını bildirmiştir." Benzer bir tartışma da Yunanistan'ın 1969 yılında Limni adasını silahlandırdığına ilişkin olarak yaşanmıştır. 
YUNANİSTAN'A NOTA VERİLMESİ !!
2 Nisan 1969 tarihinde Türkiye, Yunanistan'a vermiş olduğu bir notada Yunanistan'ın Limni'de yapmış olduğu silahlandırma ve alt yapı çalışmalarının bu adaların antlaşmalarla silahsızlandırılmış statüsüne aykırı olduğu belirtilmiş, Yunanistan ise, 10 Mayıs 1969 tarihli cevabi notasında antlaşmalara saygılı olduğunu belirterek; "Bu adanın havaalanında yapılmakta olan çalışmaların sivil havacılık ihtiyaçlarına cevap vermek üzere gerçekleştirilmektedir," demiştir.
1960'lardan itibaren, Türkiye ve Yunanistan arasındaki ilişkilerin Kıbrıs sorunu nedeniyle sıcak savaşa yönelen bir eğilim göstermesi, giderek 1974'de Türkiye'nin Kıbrıs'a askeri müdahalede bulunmak zorunda kalması, iki ülke arasındaki ilişkilerde gerginliği artırırken, diğer yandan da var olan sorunlara barışçıl yollardan çözüm getirilememesi, tarafların ulusal kamuoyları açısından olduğu kadar uluslararası kamuoyunda da bir Türk - Yunan savaşının kaçınılmaz olduğu kanısını yaygınlaştırmaktadır.
YUNANİSTAN ANTLAŞMALARI GEÇERSİZ HALE GETİRİYOR !!
Yunanistan, adaları silahlandırırken bir yandan bu adaların uluslararası statüsünü düzenleyen antlaşmaların geçerliliğini tartışma konusu haline getirmiş, diğer yandan ise, uluslararası sistemdeki değişimlerin bu antlaşmaların kurmuş olduğu statüyü geçersiz kıldığını savunmaya başlamıştır. Antlaşmaların hukuksal geçerliliği açısından iki ülke arasındaki tartışmalar sürerken, Yunanistan, NATO savunma sistemi çerçevesinde sorunu ele alarak, öncelikle Limni olmak üzere Yunanistan'a ait olan adaların NATO savunma planları içerisine alınmasını, bu yolla silahlandırma girişimlerine meşruluk ve destek sağlamaya çalışmaktadır. Fiili olarak silahlandırılmış bulunan bu adaların NATO savunma planlarına dahil edilmesi yolundaki Yunan çabaları büyük ölçüde bu çabalara siyasal-hukuksal dayanak sağlayabilmek endişesine yöneliktir.
Türkiye ve Yunanistan arasında adaların silahlandırılmasına ilişkin görüş ayrılıkları, iki ülke arasında Lozan Barış Antlaşması'nın kurduğu dengenin bugün değiştirilmek istenmesinden kaynaklanmaktır.
Ege Denizi'nde Yunanistan'ın egemenliğine bırakılmış olan adaların silahsızlandırılacağına ilişkin üç temel sözleşmeden söz edilebilir. Bunlardan birincisi, 1923 Lozan Barış Antlaşması'dır. Lozan Barış Antlaşması'nın 12. maddesi hükmüne göre;
LOZAN ANLAŞMASI NE DİYOR ??
"... Doğu Akdeniz Adaları ve özellikle Limni [Lemnos], Semadirek [Samothrace], Midilli [Lesbos], Sakız [Chios], Sisam [Samos] ve [Ahikerya] Nikarya Adaları üzerinde Yunan egemenliğine ilişkin... 13 Şubat 1914 günü Yunan Hükümetine bildirilen karar, işbu Antlaşmanın İtalya'nın egemenliği altına konulan ve on beşinci maddede yazılı olan Adalara ilişkin hükümleri saklı kalmak koşulu ile, doğrulanmıştır." 
Aynı Antlaşmanın 13. maddesi ise,"Barışın korunmasını sağlamak amacı ile, Yunan Hükümeti, Midilli[Lesbos], Sakız [Chios], Sisam [Samos] ve [Ahikerya] Nikarya Adalarında aşağıdaki önlemlere saygı göstermeyi yükümlenir," diyerek;
 "bu adalarda hiçbir deniz üssü ve hiçbir istihkam kurulamayacaktır"
 hükmünü getirmektedir. 13. Madde hükmüne göre,"Yunan savaş uçakları ve öteki hava araçlarının Anadolu kıyısındaki topraklar üzerinde uçması yasaklanacaktır; Buna karşılık, Türkiye Hükümeti de savaş uçaklarının ve öteki hava araçlarının sözü geçen Adalar üzerinde uçmasını yasaklayacaktır... Söz konusu Adalarda Yunan Silahlı Kuvvetleri, silah altına alınıp yerinde eğitilebilecek olan normal askersel birlikle ve tüm Yunanistan topraklarındaki jandarma ve polis sayısı ile orantılı olacak bir jandarma ve polis örgütü ile sınırlı kalacaktır."
LOZAN ANLAŞMASINA GÖRE...
Bu konudaki ikinci anlaşma ise, 1923 Lozan Boğazlar Sözleşmesi'dir. Sözleşmenin 4. maddesi hükmüne göre,"... Ege Denizi'nde, Semadirek [Samothrace], Limni [Lemnos], [Gökçeada] İmbroz, Bozcaada ve Tavşan Adaları" askerden arındırılacaktır. Sözleşmenin 6. maddesinde ise, askerden arındırma şartları ve statü belirlenmiştir.
PARİS ANLAŞMASI
Üçüncü şart, Oniki Adaların Yunanistan'ın egemenliğine bırakılmasını düzenleyen 1947 Paris Barış Antlaşması'dır. "Türkiye'nin tarafı bulunmadığı 1947 Paris Barış Antlaşmasının 14. maddesi ile XIII. Eki uyarınca Oniki Adaların en ileri biçimde askerden arındırılması öngörülmektedir. Bu adalarda her türlü askeri üs, tesis ve tahkimat yasaklanmakla kalmamakta, ayrıca, askeri eğitim ve silah üretimi de yasaklanmaktadır...