Kanuni Sultan Süleyman Han, Portekiz donanmasının taarruzlarına karşı imdat isteyen Hind Müslümanları’na bir donanma göndererek yardımda bulundu. Bu donanma Portekizliler’i bu denizlerden kovaladıktan sonra Mısır’a dönerken, bu donanmada bir filoya kumanda eden Hayreddin Mehmet Reis, bu donanmanın kumandanı Süleyman Paşa tarafından iki gemiyle doğu denizlerini keşfe gönderildi. Osmanlı denizcileri ilk olarak Siyam (Tayland)’a geldiler ve kral tarafından çok iyi karşılandılar. 

Kral onların Siyam’da istedikleri kadar kalabileceklerini ve misafirleri olduğunu söyledi. Tam 15 yıl burada kaldılar ve onlara yılda 12.000 altın ücret verildi. Bu zaman zarfında başkent Ayuthia’da (bugünkü başkent Bangkok’a yakın) 7 cami açtılar. Yalnız başkentte 30.000 aile, onların örnek ahlakı sebebiyle Müslüman olmakla şereflendi. Bugün Tayland’daki 2,5 milyon Müslümanın geçmişi bunlardır. Hindistan’dan kovulan Portekiz donanması bu sefer Endonezya’ya saldırdı. 

Bu tarihlerde bu adalarda birçok Müslüman Devlet hüküm sürüyordu. Bunlardan biri olan, Sumatra adasının kuzey ucunda bulunan Açe Devleti’nin Sultanı Alâeddin Riâyet Şah, İstanbul’a elçi gönderip, Portekiz saldırılarına karşı Osmanlı Padişahı’ndan yardım istedi. Mektubunda şunları yazmıştı: 

“Hükmettiğim adalarda, siz padişahımın adına hutbe okunmaktadır. Seylan hükümdarı kâfirdir. Açeli Hayrullah Azmi, II. Selim döneminde, sömürgecilerden adayı korumak için Kurtoğlu Hızır Reis komutasında bölgeye 19 gemilik bir donanma gönderildiğini belirterek, Banda Açe’ye ayak basan Osmanlı denizcilerinin bölgede Osmanlı İmparatorluğu’nun gücünü yitirmesi sonucu İstanbul’la irtibatının koptuğunu ancak, Türk isminin hep yaşadığını anlattı. Mühadis isimli köyün bölgede Türk köyü olarak bilindiğini ve halk arasında Bitati olarak anıldığını, ilk ayak basan Osmanlı askerlerinin mezarlarının yer aldığı tarihi köy mezarlığı bulunuyor.

Ama Seylan Adası’nda da tebaa-i şahanenizden olan Müslüman cemaati ve 14 camileri vardır. Hutbe orada da ism-i şerifinize okunmaktadır. Hindistan’ın cenubundaki Malabar Racası da keza kâfirdir. Orada da 25 camide Müslümanlar sizin adınıza hutbe okuturlar. Yine Hindistan’daki Gücerat Racası’nın veziri Karamanoğlu Abdurrahman Bey’dir ve orada dahi camilerde zatıâlinizin adı hutbelerde okunur. Bunların hepsi de sizden denizci ve topçu isterler. Son gönderdiğiniz 8 topçuyu başımın üzerinde taşıyorum. Şimdi kadırga yapmasını bilen gemi mühendisleri ile kale yapmasın bilen inşaat mühendisleri göndermeniz için şahane eşiğinize yakarıyoruz.”

Alâeddin Şah, İstanbul’dan gönderilen 300 Osmanlı denizcisiyle birçok fetihler yaptı ve Endonezya adalarının çoğunu fethetti. Ayrıca Malezya’ya da çıkarak, burada İslamiyet’in hızla yayılmasını sağladı. Kanuni’den sonra padişah olan II. Selim Han da Osman Bey isminde bir Tümamiral kumandasında bir filoyu daha Endonezya’ya gönderdi. Açe Sultanı, II. Selim Han’a yazdığı mektupta: 

“Taht şehrim Açe bir Osmanlı köyü ve bütün tebaam da padişahımın kullarıdır” diyordu. Buralara gelen Osmanlı denzicileri ise, bir daha geri dönmediler ve Endonezyalı kızlarla ve prenseslerle evlenerek orada şeref ve itibarla yaşadılar.” 

1898 yılında Sultan II. Abdülhamit Han’ın Endonezya’ya gönderdiği görevlilerden Abdülaziz Efendi, burada Türk mezarlığını ziyaret etti ve Türk olduklarını söyleyen, fakat Türkçe konuşamayan Endonezyalılar’la görüştü. Kanuni’nin Alâeddin Şah’a gönderdiği Osmanlı sancağı, mukaddes sayılarak yüzyıllarca Endonezya’da hürmet gördü. 

Türkiye Cumhuriyeti ve Endonezya arasında diplomatik ilişkiler 1950 yılında başlamış ve Cakarta Büyükelçiliği 10 Nisan 1957 yılında açılmıştır. Sayın Cumhurbaşkanımız 30 Temmuz – 1 Ağustos 2015 tarihlerinde Endonezya’ya resmi ziyaret gerçekleşirmiştir.  Endonezya Cumhurbaşkanı ‘da 5-6 Temmuz 2017 tarihlerinde ülkemizi ziyaret ederek yüzyılların doluluğunun devamını gerçekleştirmiştir.