İspanya Senatosu Dışişleri Komisyonu üyelerinin sorularını yanıtlayan Margallo, Bask Milliyetçi Partisi'nden (PNV) İnaki Anasagati'nin yönelttiği bir soru üzerine, ''Medeniyetler İttifakı önceden ve tüm detayları tasarlanmamış gibi gözüküyor. Eğer bilmediğim bir şey olursa bilmediğimi, şüphe duyduğum bir şey olursa da şüphelerimi söylüyorum ve Medeniyetler İttifakı ile ne yapacağımı pek bilmiyorum'' dedi. 
       Margallo, 2004 yılında dönemin İspanya Başbakanı Jose Luis Rodriguez Zapatero tarafından ortaya atılan Medeniyetler İttifakı girişimine ''O zaman karşı çıktığını da'' belirterek, ''İçeriği boştu'' diye ekledi.
       Margallo, ''Bu ittifakın iyi bir girişim olup olmadığını, devam etmeye değer olup olmadığını tartışmak gerek. Birleşmiş Milletler'e gideceğim ve dönüşte ne düşündüğümü söyleyeceğim'' dedi.
       İspanya Dışişleri Bakanı Margallo, geçen hafta yaptığı açıklamada ise ilk başta karşı çıktıkları Medeniyetler İttifakı'na destek vermeye başlayacaklarını, ancak İspanya'nın parasal desteğini düşüreceğini ve girişimin çalışmalarına farklı bir bakış açısı katmak istediklerini ifade etmişti.
       İspanya ve Türkiye'nin eşbaşkanlığında ortaya atılan Medeniyetler İttifakı, 2005 yılında Birleşmiş Milletler nezninde yürtülmeye başlanıp yüksek temsilciliğine Portekizli Jorge Sampaio atanmıştı.