Hastalık esnasında kullanılan antibiyotiklerin zarar verdiği bağırsak florası, antibiyotik sonrası bozularak birçok rahatsızlığa sebebiyet vermektedir. Probiyotikler, antibiyotiklerin bilinçsizce kullanımından kaynaklanan diyare, genital ve diğer enfeksiyonların azalmasında etkilidir. Antibiyotiklerin bir diğer olumsuz etkisi, antibiyotiğe karşı dirençli bakterilerin sayıca çoğalmasına neden olmasıdır.
Bağırsak florasına etki eden diğer faktörlerin başında, beslenme alışkanlığı gelir. İşlenmiş ve besin değerlerinden yoksun bir beslenme, bağırsak florası üzerinde ciddi anlamda kötü etkilere sahiptir. Beyaz ekmek, hamur işi, makarna gibi şekerli karbonhidrat ağırlıklı beslenmek, bağırsaklarda kurt oluşumu ve parazitlerin oluşmasına neden olur. Tahıl ağırlıklı ve lif oranı yüksek gıdaların oluşturduğu bir beslenme şekli bağırsak sağlığı üzerinde ciddi olumsuz etkiye sahiptir ve bazı kanser türlerinin oluşması için zemin hazırlayabilir. Sebze ve meyvelerden alınan lifler, sindirim sistemi sağlığı açısından daha iyi olmakla birlikte, kaliteli lifler olarak adlandırılır. Turşu, peynir, ev yoğurdu, kefir, sirke gibi içerisinde probiyotiği bolca bulunduran yiyecekler bağırsak florasının sağlığı açısından gereklidir. Uzun süre aç kalmak ve aşırı yemek yemek, bağırsak üzerinde olumsuz bir etkiye sahiptir. Probiyotikbakımından zengin olan besinler tüketmek, vücuda faydalı bakteriler kazandırmak açısından önemlidir.
Ayrıca, prebiyotik olarak bilinen, bakteri içermeyen ama yararlı bakterilerin çoğalmasına yardımcı olan beslenmenin de, bağırsak florası üzerinde faydalı olduğu söylenmektedir.
