Osmanlı devletinde yaşayan her gayrimüslim bir cemaate dolayısıyla bir millete bağlıydı. Devletle ve dolayısıyla padişahla olan ilişkisi ancak o cemaatin lideri aracılığıyla olabiliyordu. Bu nedenle gayrimüslim halkın vergisini vermesi, davranışları ve yükümlülükleri açısından bu liderler padişaha karşı sorumluydular. Böylece Padişah, gayrimüslim tebaasıyla olan ilişkilerini, millet liderleri vasıtasıyla yürütmüş oluyordu. Bu bakımdan millet liderlerinin sorumlulukları büyüktü. Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethinden sonra tayin ettiği patrikten itibaren 24 Mart 1657 yılına kadar, bütün Rum patrikleri, milleti tarafından seçildikten sonra bizzat Padişahlar tarafından kabul olunurdu.
Rum patriği III. Patenios'un kendisine bağlı olan Eflak ve Boğdan Voyvodalarını isyana teşvik etmesi nedeniyle 1657'de idam edilmesinden sonra, patriğe karşı yapılan bu imtiyazlı muamele kaldırılarak sadrazamlar tarafından kabul edilmeleri kanun olmuştur. Ortodoksların cemaat işlerini Fener patrikhanesi, Musevilerinkini Hahamhane, Ermeni cemaatinin işlerini de Ermeni Patrikhanesi yürütüyordu. Her millet teşkilatının din adamlarından oluşan bir ruhani meclisi bulunmakta ve bu meclis millet liderlerini seçmekteydi.
Her cemaat kendi mezhebine göre dini ibadet ve ayinlerini tam bir serbesti içinde yapabiliyordu. Devlet, gayrimüslimlerin ibadetleri konusunda son derece hoşgörülü davranmıştır. Durumu, fermanlarla tayin ve tespit edilen ibadet yerlerinin, bütünüyle dokunulmazlığı bulunmaktadır. Osmanlı Devleti bu ibadet yerlerinin iç teşkilatına ve idaresine kesinlikle karışmamış; ibadet yerlerinin idaresini bütünüyle cemaat teşkilatlarına bırakmıştır. Bununla beraber, yeni mabet yapma yasağı ve mevcutlarının tamiri için devletten izin alınması kuralının, gayrimüslimleri mağdur etmediği anlaşılmaktadır.
Çünkü gayrimüslimlerin Osmanlı Devleti’nde yeterli sayıda kilise ve havraları vardı Mesela 1885 yılında İstanbul'da bulunan kilise ve havraların toplam sayısı 148’dir. Bunların milletlere göre dağılımı incelendiğinde gayrimüslimlerin mağdur olmadıkları anlaşılır. 1885'de İstanbul'da Rumlarla Ermenilerin nüfusları birbirine yakındır. Ancak Rumlar, İstanbul’da tarihi bir topluluk oldukları için, mabet sayısı en fazla olan millet durumundaydı. Ermeniler 1885 yılında toplam 149.590 nüfusa karşılık 38 mabede sahip olurlarken, Yahudiler ise 44.361 nüfusa karşılık 36 havraya malik bulunuyorlardı. Buna göre, bir mabed başına Ermenilerde yaklaşık 3.936 kişi, Yahudilerde ise 1.232 kişi düşmektedir. Bu sayıya kadın ve çocuklar dâhildir.
Osmanlı Devleti, toplum üzerindeki yetkilerini yönetim, maliye ve askerlik konularıyla sınırlandırmıştır. Bunların dışında kalan, eğitim, haberleşme, sosyal güvenlik, adalet, nüfus ve dini işler gibi günümüz devletlerinin temel sosyal fonksiyonlarını, din ve mezhep esasına dayalı millet teşkilatlan eliyle yürütülmek üzere reâyâya veya bu amaçla kurulmuş vakıflara bırakmıştır. Bu cümleden olarak, gayrimüslimlerin kendileri arasındaki nikâh akdi, feshi, çeyiz, nafaka, veraset ve vasiyetle ilgili işler, kendi mahkemeleri tarafından görülmekte idi. Cemaat mahkemelerinin bu konuda verdiği kararları devlet organları aynen uygulardı. Meselâ, Patrikhane mahkemesi, suçluları yalnız hapse değil, bazen sürgüne, bazen de kürek cezasına mahkûm edebiliyordu. Suçlular için patrikhanede özel bir cezaevi vardır. Kaptan paşalar, patrikhaneden gönderilen kürk mahkûmlarını, alamamazlık edemez ve vaktinden önce zincirlerini çözemezdi.
Patrikhaneler, kendi cemaatlerinin doğum ve ölüm kayıtlarını da tutmakla yetkili kılınmışlardı. Daha sonraları devlet, bütün tebaanın nüfus kayıtlarını tutmaya başladığında, bu kayıt işini, patrikhanelerin defterlerini esas alarak yapmıştır.
Gayrimüslim cemaatler, okul açabilme ve okullarının programlarını serbestçe tespit edebilme yetkisine de sahip kılınmışlardır. Devletin bu konuda, gayrimüslimlere bir müdahalesi söz konusu olmamıştır. Zaten o dönemde, yalnız gayrimüslim tebaa değil, Türklerin yanında diğer milletler de, okul açmak ve yönetmek konusunda serbest bırakılmışlardır. Nitekim gayrimüslimlerin okulları, bağımsızlık ve fesat tohumlarının aşılandığı temel müesseseler olmuştur. Ne yazık ki, Osmanlı yönetimi, gayrimüslimlerin mekteplerini denetleyememiştir. Çünkü denetim işini yerine getirecek yabancı dili bilen Müslüman elemana yeterli düzeyde sahip değildi.
Gayrimüslim cemaatlerin dini liderlerinin yargılanması özel bir şekilde yapılmaktadır. Meselâ, metropolitlerin, vekillerinin veya piskoposların, şer'i şerif ile ilgili davaları söz konusu olursa, bunların duruşması doğrudan doğruya Divan-ı Hümayun'a havale edilmekte ve dava, sadrazam ve kazaskerlerin huzurunda görülmektedir. Rum, Ermeni ve Musevi cemaatleri, İstanbul'un fethinden sonra nail oldukları statülerini, her padişah döneminde geliştirmişler ve hükümet içinde hükümet gibi fonksiyon icra eder hale gelmişlerdir.
Millet teşkilatlarının, Tanzimat’tan önce yalnız "Ruhani" meclisleri vardır. Bunlar Patrik ve Hahambaşı denilen milletin başına geçecek olan reisi seçerdi. Patriklerin Kapı Kâhyaları, hükümetle temas edecek vekilleri, memurları ve tercümanları bulunurdu. Resmî ve dinî bayramlarda nezaket icabı, tebrik törenine iştirak eden Rum Patriği, Padişahın karşısında diğer milletlerin (cemaatlerin) ruhani reislerine vekâleten ve kendi namına asaleten Rumca bir nutuk söyler ve "Logofet" denilen hatta hükümetten aylık alan Patrikhanenin Rum tercümanı da bunu Türkçeye çevirirdi. Rum patriği, âdeta yabancı bir devlet nezdinden gelen fevkalade bir murahhas gibi Padişah'ın huzuruna kabul edilir; Türkçe bildiği halde, nutkunu kendi diliyle söylerdi.
Fener Rum Patriği, eski Bizans an'ane ve sembollerinin zengin bir hazinesi görünümünde idi. Patrikhanenin kapısı üstüne hâk olunan Bizans kartalı, her sene yaldızlanarak parlatılırdı. Patrik, Bizans İmparatorluklarının tacını giyer ve harmanisini taşırdı. Patrikhane bu niteliği ile âdeta Bizans İmparatorluğu’nu Rum kilisesinin içinde yaşatıyordu. Rumların patrik, metropolit, papaz ve diyagosları, kiliselerdeki dua ve vaazlarıyla, mekteplerindeki ders programları ve eğitimleriyle, eski Bizanslık ruhunu sürekli canlı tutmaya çalışıyordu.
Kısaca Osmanlı devletinde gayrimüslim milletlere, dünyanın hiçbir devletinde benzeri görülmeyen ölçüde dinî, adlî, eğitim, kültür ve idarî alanda özerklik tanınmış; dillerine, kilise ve havralarına, mektep, mahkeme ve hastanelerine karışılmamıştır. Evlenme, boşanma, düğün ve ölüm gibi medeni hukuku ilgilendiren bütün işler millet teşkilatlarına bırakılmıştır. Aslında Fatih’in fetihten sonra gayrimüslimlere tanıdığı statü İslam hukukuna aykırı değildi.
Adalet, hakkaniyet ve insanlık açısından mahkûm bir millet için bundan daha fazlası yapılamazdı. Fakat ne var ki Osmanlı gayrimüslimleri kendilerine verilen bu hakların değerini pek bilemedikleri gibi, Osmanlı yönetimi de, gayrimüslim halkı Müslümanlarla kaynaştıracak ve onların Türkleşmesi ve Müslümanlaşmasını sağlayacak tedbirleri yeterli düzeyde alamadı. Özellikle XVII. yüzyıldan itibaren takip edilen siyaset, gayrimüslim milletlerin kendi kimliklerini korumasına yardımcı olmuştur.
Rumlar, Ermeniler ve Museviler, dil, gelenek, edebiyat bakımından Türklerden ayrı bir hayat tarzı sürmüşlerdir. Bunlar, Osmanlı Devleti topraklarında yaşadıkları halde, devletin asıl unsuru olan Türklerle fazla irtibatı olmayan özerk topluluklar haline gelmişlerdi. Aslında başlangıçta Müslümanlarla gayrimüslimler arasında ilişkiler gayet iyiydi. Fakat bu iyi ilişkiler, XVIII. yüzyıldan itibaren giderek bozulmaya başlamış ve XIX. yüzyıla gelindiğinde ise, büsbütün bozulmuştur.
Gayrimüslimler, kalabalık olarak yaşadığı yerlerde, Müslümanlara zavallı gözüyle bakmaya başlamışlardı. Buna karşılık askerî ve idari düzeni bozulan Osmanlı Devleti’nde askeri ve sivil memurlar da, azınlıklara eza eder oldular. Hukuk kurallarını uygulayan ilmiye mensuplarının ehliyetsizliği nedeniyle de, hak sahiplerinin işleri görülmez ya da ihmal edilir olmuştu. Bu da azınlıkların nefretine sebep olan önemli bir faktördü. Ayrıca Müslümanlar arasında bilgi ve kültür azaldıkça, taassup artmakta; Hristiyanlar hakkında hakaret edici sözler ve davranışlar başlamakta idi. Bütün bunlar, gayrimüslimlerin Osmanlı yönetiminden ayrılma düşüncelerini güçlendiriyordu.
