Balkanlar Bosna savaşından sonra ikinci bir vahşete sahne oldu. Sırp milliyetçileri akıllara gelmeyecek bir etnik temizlik saldırısını Kosova’da gerçekleştirdi.  “1998-1999 Kosova Savaşı, Yugoslavya Federal Cumhuriyeti ordusunun, bağımsızlık isteyen Kosova Kurtuluş Ordusu’na ve bu örgüt yanında yer alan milis güçlerine karşı yürüttüğü operasyon ve buna karşı NATO’nun başlattığı müdahaledir.” Kosova Kurtuluş Ordusu’nun başında Arnavutlar, Yugoslavya ordusunda ise genellikle Sırplar vardı. Kosova nüfusunun yüzde 90’ı Müslüman yüzde 10’u Ortodoks Hristiyan’dır.
1974 Yugoslavya anayasası Kosova’yı özerk Sırp bölgesi olarak ilan etmiştir. Başkan Tito’nun ölümünden sonra bağımsızlık protestoları ve baskısı artmıştır. Miloseviç’in hükümette görev almasıyla Kosova’daki gösterilere şiddet artmıştır. Komünist partiden gelen Miloseviç Sırp milliyetçiliğinin savunucusu olmuştur ve Kosova nefreti söylemleri ile şiddetin dozunu arttırmıştır. ‘’Hiç kimse tekrar sizi yenmeye cesaret edemeyecek.’’  İki yıl sonra, Yugoslavya başkanı olduğunda, Kosova'nın özerkliğini iyice ortadan kaldırdı. Sırp milliyetçiliği artık yürüyüşe geçmişti. (wikipedia, Kosova Savaşı)
Türkler de geçmişten günümüze bölgede Arnavutların yanında olmuşlar ve Sırplara karşı durmuşlardır. Sırpların tarihi bilinçaltındaki Müslüman nefreti de Kosova ve Bosna katliamlarında etkili olmuştur. Dini açıdan Kosova Sırpların Kudüs’ü olarak adlandırılır.  Tarihi ve stratejik çıkarlarından ve politikalarından ötürü Sırplar Kosova’yı ellerinde tutmak istemiştir. Arnavutlar da etnik, dini ve stratejik açıdan Kosova’yı bırakmak istememişlerdir.
1991 yılında Kosova’da Arnavutlar ayaklanmışlardır, nüfusun fazla olmasına rağmen bir örgütlü direniş olmadığı için ilk ayaklanmalar başarısız olmuştur. 90’ların ortasında Kosova Kurtuluş Ordusunu kurmuşlardır ve gerçek bir direniş bu zamanlarda başlamıştır. 98’in yazında Yugoslavya ordu kuvvetlerini bölgeye göndermişlerdir ve etnik kıyım başlamıştır. Self determinasyon ilkesine bakılırsa bölge Arnavutlara bırakılması gerekirdi lakin çıkarcı politikalar burada da baş göstermiştir.
‘’ Büyük Sırbistan’’ hayaline kapılmış Miloseviç, Sırp milletini, hiçbir zaman kazanamayacağı bir savaşın alevleri içine soktu. Azılı milliyetçinin ilk çılgınlığı değildi bu. 1989’dan bu yana izlediği yanlış politikalarından azıcık olsun ders almamışlardı.
Kosova Kurtuluş Ordusu (Ushtria Çlirimtare e Kosoves) Arnavut gerilla hareketi olarak kurulmuştu. Yugoslavya bu örgütü terör örgütü olarak ilan etmişti. Savaştan sonra Kosova Cumhuriyeti hükümetini KKO komutanları ve görevlileri oluşturuyordu. Hashim Thaçi bunların başında gelir. Örgüt çeteler halinde hareket ediyordu ve Yugoslav kuvvetlerine karşı direniş gösteriyordu. Sırpların soykırımı sonucu uluslararası yapı buna karşı önlemler aldı ve 1999’da Kosova ve Yugoslavya hedeflerine NATO tarafından hava harekâtı başlattı. Hava harekâtında büyük zarar gören Sırplar daha da kızıştı ve şiddetin dozunu arttırdı. Sivillere saldırdılar, çocukları öldürdüler ve kadınlara tecavüz ettiler. Büyük Arnavutluk düşüncesi ile Arnavutlar da KKO’na destek veriyorlardı. Kosovo Force (KFOR), Kosova’da güvenliği sağlamakla görevli NATO önderliğinde çok uluslu bir barış gücüdür. KFOR güçleri ülkeye girdiklerinde 1 milyona yakın insan çevre ülkelere göç etmişti ve mülteci pozisyondaydı, daha sonra ülkelerine geri döndüler. KFOR günümüzde Kosova’da hala görevdedir.
Mayıs 1999’ da Uluslararası Lahey Adalet Divanı’nda Miloseviç insanlığa karşı suç işlediği ilan edildi. Sırpların yanında Arnavut güçlerinin de insanlık suçu işlediği açıklandı. 2006’ya kadar Miloseviç’in yargılanması sürmüştür. 2008’e kadar Kosova’da geçici Birleşmiş Milletler Yönetim Misyonu oluşturuldu. 17 Şubat 2008 de bağımsızlığını ilan etti. Başkent Priştine oldu. Kosova’yı devlet olarak Kosta Rika, Amerika, Türkiye, Arnavutluk ilk tanıyanlardandır. Tanımayacağını belirtenler ise Yunanistan, Kıbrıs, Rusya ve Sırbistan’dır. 10 Eylül 2012 gününe dek gözetimli bağımsızlık altında bulunan Kosova bu tarihten itibaren ise tam bağımsız olarak yoluna devam etmektedir. Azerbaycan Karabağ meselesinden dolayı bağımsızlığı tanımamıştır.
Resmi dil anayasada Arnavutça ve Sırpça olarak belirlenmiştir. Boşnakça ve Türkçe de ülkede kullanılmaktadır. Ülkede birçok siyasi parti kurulmuştur. Hükümet Arnavut Parti’nin elindedir. Türklerin de partisi vardır. Yürütme yetkisini, başbakanın önderliğinde Kosova hükümeti sağlar.