Fetih öncesi Bizans’ın iç durumu hiç iyi değildi. Devlet halkını soyuyor ve çeşitli zulümlerle inletiyordu. Avrupa ve Papalığın yardımını sağlamak için halkını, din değiştirip Katolik olmaya zorluyordu. Vergiler ödenemez büyüklükte idi. Halkın ayaklanmasını önlemek için papazlara, hurafeli inançları körükleme emrini verdiler. Bir yıldız kayması, baykuş ötüşü veya sis basması, güneş veya ay tutulması birer felaket habercisi olarak anlatılıyordu. Meryem ana tablosunu bir yerden bir yere taşıyan birisinin ayağı kayıp düşse, halk günlerce yas tutuyordu. Halkı putperest yapmışlardı. Devlet din adamlarını köle gibi kullanıyordu. İşte bu kötü yönetimi ve zorbalığı sergileyen bir patrik seçimi hikâyesi:
“Rum patrikhane heyetine, imparator, kimi patrik seçeceklerini emirle bildiriyordu. Güya seçilen yeni Patrik, Bizans sarayına gelip durumu arz ediyordu. Sarayın ahırından seçilen bir ata seçilmiş Patrik bindirilerek, tekrar Patrikhaneye gönderilir ve Patrik orada bulunan bütün din adamlarının kendisine sadık kalacaklarına, teker teker yemin ettirirdi. Sonra İmparator Patrikhaneye gelip, elinde üzeri inci ve kıymetli taşlarla süslü bir asa olduğu halde Patriği yanına çağırırdı.
Yeni Patrik yalın ayak olarak imparatorun huzurunda, üç defa başını yerlere kadar eğer ve sonra yere çökerek İmparatorun ayaklarını defalarca öper, İmparator da süslü asayı Patriğin sırtına vurarak şöyle derdi:
“Bana bu devleti vermiş olan Mesih, seni de Roma Patrikliği ile vazifelendirdi.” Şarap ve ekmek verme ile merasim son bulurdu. Böyle seçilen bir Patrik ne kadar hür bir din adamlığı yapabilirdi?
Hâlbuki Fatih Sultan Mehmet, İstanbul’u alınca hemen halka sordu:
“Sizin din büyükleriniz nerededir?”
İleri gelenler, din değiştirmeyi kabul etmediği için Gennadios’un hapsedildiğini söylediler. Derhal zindandan Gennadios çıkarıldı. Fatih huzura kabul etti. Hal hatırını sordu.
Kendi “has ahırı’ndan” kıymetli bir at getirtip hediye etti. Onuruna mükellef bir ziyafet verdi. Gönlünü aldı. Çok süslü bir asayı merasimle ve eğilmeden, etek öptürmeden eline verip:
“Patrik olunuz. Her hususta sizden önce gelenlerin hukukuna sahipsiniz. Kavminiz her türlü din işlerinde serbesttir. Varın mesut olun,” diyerek bizzat atına kadar refakat edip öyle göndermiştir.
Ayasofya’yı camiye çevirmiş olan padişah, bugünkü Fâtih Camii’nin yerinde bulunan Havariler Kilisesi’ni Patrike vermiştir. Patrik bilahare, 1455 yılında, Fethiye Camii’ne tahvil edilmiş olan Pamma Hristos Manastırı’na nakledilmiştir. Bu arada padişah tarafından Gennadios’a bir ferman verilerek, siyasi hadiselerin dışında, her türlü dinî hakları ve Hıristiyanlar’ın padişah nezdinde temsili vazifesi de tanınmıştır.
Aynı Fatih, Balkanlar’daki fütuhatta elde edilen toprakların büyük bir kısmını, bölge insanına tımar olarak vermiştir. Bilindiği gibi Osmanlı toprak sistemi tımarda, kendisine toprak tahsisi yapılan kimseler, bir savaş esnasında toprağına göre belli miktarda askeri, tam teçhizat donatmaya mecburdur. Bu hak ancak Türkler’e verilirdi. Fatih bu kuralın dışına çıkarak; gayri Türk ve gayri Müslimlere de toprak vermekten çekinmemiştir.
Fatih Sultan Mehmet Gayr-i Müslimlere sadece toprak vermekle kalmamış; özgür yaşamın en güzeli Olan inanç özgürlüğünü de rahat olmaları gerektiğini ayrıca bir ferman ile de bütün dünyaya ilan etmiştir.
Bu padişah fermanı şöyledir:
“Ben ki Sultan Mehmet Han’ım; sıradan ve seçkin bütün insanlar tarafından bilinsin ki, bu padişah buyruğunu ellerinde bulunduran Bosnalı (Fransisken) ruhbanlara büyük bir lütufta bulunarak şunları buyurdum: Adı geçenlere ve kiliselerine hiç kimse engel olmayacak ve sıkıntı vermeyecektir ve onlar sakınmaksızın ülkemde yaşayacaklardır. Ve kaçıp gidenler bile güven içinde olacaklardır. Gelip ülkemizde korkusuzca oturacaklar ve kiliselerine yerleşeceklerdir. Ne ben, ne vezirlerim, ne kullarım, ne uyruklarım, ne de ülkemin bütün halkından hiç kimse adı geçenlere - kendilerine ve canlarına ve mallarına ve kiliselerine ve dışarıdan ülkemize gelenlerine - dokunmayacak, saldırıp incitmeyecektir. Yeri, göğü yaratan “Rızıklandırıcı” adına ve Kur’an adına ve ulu Peygamberimiz adına ve yüz yirmi dört bin peygamber adına ve kuşandığım kılıç adına yemin ederim ki, bu kişiler emrime itaat ettikleri sürece, bu yazılanlara hiç kimse uymazlık etmeyecektir. Böyle biline.”
